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Uniscience 20-03-2017

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GelRed – Biotium

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GelRed – Biotium

Gel Red, BIOTIUM, Uniscience Produtos para Laboratório

GelRed™ é um corante fluorescente de ácidos nucleicos ultra-sensível, extremamente estável e ambientalmente seguro projetado para substituir o altamente tóxico brometo de etídeo (EB) para a coloração de dsDNA, ssDNA e RNA em géis de agarose ou gel de poliacrilamida. GelRed™ é muito mais sensível do que o EB sem a necessidade de uma etapa de descoloração (Figura 1). GelRed™ e EB têm praticamente o mesmo espectro (Figura 3), para que possa substituir diretamente EB com GelRed sem mudar seu sistema de imagens existente.

GelRed™ pode ser usado para corar dsDNA, ssDNA ou RNA em gel de agarose através de ou gel pré-moldado ou pós coloração. GelRed™ também pode ser usado para corar dsDNA, ssDNA ou RNA em gel de poliacrilamida via gel pós coloração. GelRed™ também é compatível com manipulações de DNA a jusante, tais como a digestão com uma enzima de restrição, técnicas de Southern blotting s e clonagens.

Uma série de testes de segurança confirmaram que GelRed™ é não-citotóxico, não mutagênico e não-danoso em concentrações muito acima das concentrações de trabalho utilizadas na coloração de géis. Como resultado, GelRed™ podem ser facilmente eliminado no esgoto ou no lixo comum, proporcionando comodidade e redução de custos na eliminação dos resíduos. Para os resultados de teste detalhados, você pode baixar GelRed™/GelGreenSafety Report aqui.

CARACTERÍSTICAS

•    Mais seguro que EtBr
Confirmado por teste de Ames
•    Descarte Simples
Aprovado em testes ambientais para descarte direto no esgoto e lixo convencionais.
•    Ultra-sensível
Muito mais sensível que EtBr e SYBR Safe
•    Extremamente estável
Estável em temperatura ambiente e resistente ao aqucimento por microondas.
•    Perfeitamente compatível com transiluminador UV padrão ou com excitação por luz visível
GelGreen substitui SYBR ou GelStar sem mudanças (ver Fig. 2)
•    Perfeitamente compatível com quaisquer aplicações posteriores
Compatível com manipulações posteriores como digestões enzimáticas, clonagem e Southern blotting.

Mais sensibilidade e estabilidade em géis pré-corados

GelRedTMé significativamente mais sensível que o brometo de etídio (BE) para detecção de baixo nível de DNA,, especialmente na área de baixo peso molecular. Mostrado à esquerda estão diluições em série de duas vezes de 1 Kb Plus DNA Ladder da Invitrogen após eletroforese em gel de agarose 1% pré-corado com GelRed EB ou em 1x TBE. A quantidade total de DNA carregado por linha era: 200 ng, 100 ng, 50 ng e 25 ng da esquerda para a direita. Géis foram analisados ??utilizando transiluminador de 300 nm e fotografados com um filtro e filmes de impressão em preto-e-branco Polaroid EB 667.

Mais sensibilidade e estabilidade em géis pós-corados

Figura 2. GelRedTM exibe constantemente sensibilidade superior para pós-coloração do gel, independentemente do filtro usado (A x C) e condições de armazenamento e manuseio. SYBR Gold, no entanto, mostrou desempenho comparável apenas quando usado fresco do fabricante e com filtro SYBR (B x D). Após alguns ciclos de congelamento e descongelamento, solução SYBR Gold 10.000 X degradou de forma significativa, resultando em coloração pobre (E). Solução de SYBR Gold 1X também adegrada ao longo do tempo (ver Figura 4). Diluições em série de duas vezes de 1kb Plus DNA Ladder da Invitrogen foram submetidas à eletroforese em gel de agarose 1% em TBE 1x e pós-corado com GelRedTM e SYBR Gold, respectivamente. Géis foram analisados ??utilizando transiluminador de 300 nm e fotografados com os filtros indicados e impressos em filmes Polaroid em preto-e-branco. A quantidade total de DNA por linha de cada diluição em série foi a seguinte: 200 ng, 100 ng, 50 ng e 25 ng da esquerda para a direita.

Figura 3. Espectros de excitação e emissão de GelRed GelGreen e na presença de DNA em tampão PBS

Nota: * GelRed e seus usos são cobertos por patentes pendentes dos EUA e internacionais. SYBR ** é marca registrada da Molecular Probes, Inc. e GelStar é marca registrada da empresa FMC.

Referência:
Para o ensaio de mobilidade eletroforética turno: 1. Liu, Y., et al. Bioquímica, DOI: 10.1021/bi902050p, 2010, 2. Konate, K., et al. Bioquímica, DOI: 10.1021/bi901791x, 2010.

Código 41003 apresentação 0,5 ml

 Diferenças entre GelRed (GR) e GelGreen (GG). Perguntas Frequentes:

1- Para serve? (Qual a aplicação?)
Coloração de ácidos nucléicos (DNA & RNA) em gel de agarose e de poliacrilamida

2- O GR e GG podem ser utilizados para RNA?
Sim. Exatamente como o brometo de etídio, ambos podem ser utilizados para esta aplicação

3- Se o GR é um corante intercalante e cora dupla fita  de DNA, como o RNA pode ser corado se ele é fita simples?
O RNAm forma estruturas secundárias permitindo que o corante se intercale. Além disso, tanto GR quanto GG se aderem ao RNAm através de interações eletrostáticas

4- Por que para alguns fragmentos acontece atraso na migração? O que fazer neste caso?
Ambos os corantes são impermeáveis à membrana das células e às luvas de látex comumente utilizados nos laboratórios. Isto é devido ao tamanho da molécula, cerca de 10x maior que o brometo de etídio (BrEt). O fato destas moléculas interagirem com maior afinidade ao ácido nucléico, mais moléculas de corante se ligam ao alvo e muitas vezes ocasionam atraso na migração observado para fragmentos maiores que 400 bp.
Normalmente atraso de migração ocorre na coloração pré-corrida ou quando o mesmo é adicionado à amostra. Para se evitar este problema recomenda-se a coloração pós-corrida.

5- Qual a diferença entre GR e GG? Quando devo utilizá-los?
O GR pode ser utilizado em substituição ao BrEt e pode ser utilizado no mesmo transluminador, podendo ser visualizado em  l~300 nm.
O GG é utilizado em transluminador com Luz Negra (l~488 nm) e é recomendado para remover bandas de gel de agarose evitando expor o usuário a UV e a degradação do produto de interesse. Não se recomenda a visualização em transluminador comum. É recomendado em substituição aos corantes da família SYBR, reconhecidamente instáveis e sensíveis à temperatura e luminosidade, GelGreenTM é muito estável e resistente a hidrólise e variações térmicas.
A principal vantagem do GG em relação ao SYBR Safe é o fato de não ser absorvido pelo plástico da cuba e apresentar sinal mais intenso quando usado o comprimento de onda correto.

6- Onde encontro os protocolos e o relatório de segurança?
Faça o download de nosso protocolo que se encontra no final da página.

7- Qual a diferença entre GR em DMSO e em água?
Ambos os produtos servem para o mesmo propósito. A primeira molécula desenvolvida era solúvel apenas em DMSO. É sabido que o DMSO, álcool, é inflamável e para tornar a molécula completamente segura foi desenvolvida a molécula solúvel em água. Ambas os reagentes são idênticos apenas com uma pequena modificação na fórmula estrutural.

8- Usando-se Gel Loading Dye, Orange 6x (NEB cat. B7022S) ou Gel Loading Dye, Blue 6x (NEB cat. B7021S), qual o protocolo a ser usado?
Usar 5µl de Gel Loading Dye, Blue ou Orange (6X) para 25µl de reação, ou 10µl para 50µl de reação. Seguir os protocolos indicados pela Biotium no site da Uniscience.

 

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